Cuenta la tradición que allá por el siglo XIII la imagen de Santa Catalina se apareció sobre una encina a pocos pasos de este lugar y que por este motivo se erigió la ermita en su honor.
Quedan las ruinas de Santa Catalina, convento fundado por los monjes Jerónimos a comienzos del siglo XV en las tierras cedidas por Don Andrés Martínez de Iruña sobre su casa fuerte de Badaya. Casa fuerte ubicada y construida en este emplazamiento por el dominio de los horizontes de la Llanada y puntos de marcado interés histórico. El convento y la fundación pasaron a los monjes Agustinos a finales del siglo XV y en él se mantuvieron hasta el siglo XIX.
En plena guerra Carlista, el general Zurbano incendia el convento, tras la derrota de un destacamento atrincherado entre estas paredes.
Es en 1999 cuando el Ayuntamiento de Iruña de Oca y bajo la sugerencia del paisajista Eduardo Álvarez de Arcaya, deciden aprovechar el magnífico enclave del convento y sus románticos vestigios para la creación de este jardín botánico.
